Resumen:Objetivos Describir las causas de la mortalidad neonatal en la Comunidad Valenciana. Comparar dos sistemas de registro de las defunciones: el de la Sociedad Española de Neonatología (SEN) y el del Boletín Estadístico de Defunción (BED) de la Organización Mundial de la Salud (OMS). Métodos Se obtuvieron datos relacionados con la defunción según la "hoja de mortalidad" de la SEN que ordena todos los diagnósticos por gravedad, y según el BED, con criterios secuenciales (causa inicial, intermedia, inmediata). Los dos sistemas se adaptaron en un único formulario. Han participado 19 hospitales de la Comunidad Valenciana (1998-1999). Se comparan: a) la "causa única" de fallecimiento, interpretando como tal el primer diagnóstico del sistema SEN frente a la causa básica del sistema OMS, y b) el "multidiagnóstico", todos los que aparecen mencionados en cualquier lugar de ambos sistemas. Resultados Se incluyeron 206 fallecidos. Aplicando el criterio de "causa básica" las más frecuentes fueron: malformaciones (31 %), síndrome de distrés respiratorio (20 %), inmadurez extrema (10 %). Al aplicar el criterio de "primer diagnóstico" fueron: síndrome de distrés respiratorio (34 %), malformaciones (33 %) y asfixia (9 %), observándose diferencias estadísticas. Al comparar según el criterio del multidiagnóstico las diferencias son mayores. Conclusiones Hay diferencias cualitativas y cuantitativas entre ambos sistemas. La hoja de la SEN es útil para el estudio de la morbilidad prevalente en los fallecidos y de otros parámetros, pero tiene limitaciones en el estudio de las causas de muerte. El BED obedece a criterios más explícitos sobre las causas de la defunción. Ambos sistemas deben ser complementarios.